Muğla’nın tarihi, Anadolu’nun en eski yerleşim alanlarından birine dayanır. Arkeolojik araştırmalar, bölgede yaşamın MÖ 3000’li yıllarda başladığını göstermektedir. Antik çağlarda şehir, “Karia” adıyla anılan bölgenin bir parçasıydı ve Karya Uygarlığı burada güçlü bir yerleşim kurmuştu. Bodrum’daki Halikarnassos, Milas’taki Mylasa ve Marmaris civarındaki Physkos gibi kentler bu uygarlığın izlerini taşır. Daha sonra bölge, sırasıyla Pers, Makedonya ve Roma hâkimiyetine girmiştir. Roma döneminde deniz ticareti gelişmiş, kıyı şehirleri ekonomik olarak güçlenmiştir.